第三十九條（法律競合時法條之適用）前四條之處罰，其他法律有較重之規定者，從其規定。
第四十條（罰則四）事業結合應申請許可而未申請，或經申請未獲許可而為結合者，除依第十三條規定處分外，處新臺幣十萬元以上五千萬元以下之罰鍰。
第四十一條（罰則五）公平交易委員會對於違反本法規定之事業，得限期命其停止、改正其行為或採取必要更正措施，並得處新臺幣五萬元以上二千五百萬元以下罰鍰；逾期仍不停止、改正其行為或未採取必要更正措施者，得繼續限期命其停止、改正其行為或採取必要更正措施，並按次連續處新臺幣十萬元以上五千萬元以下罰鍰，至停止、改正其行為或採取必要更正措施為止。
第四十二條（罰則六）違反第二十三條規定者，除依第四十一條規定處分外，其情節重大者，並得命令解散、停止營業或勒令歇業。違反第二十三條之一第二項、第二十三條之二第二項或第二十三條之三規定者，得限期命其停止、改正其行為或採取必要更正措施，並得處新臺幣五萬元以上二千五百萬元以下罰鍰。逾期仍不停止、改正其行為或未採取必要更正措施者，得繼續限期命其停止、改正其行為或採取必要更正措施，並按次連續處新臺幣十萬元以上五千萬元以下罰鍰，至停止、改正其行為或採取必要更正措施為止；其情節重大者，並得命令解散、停止營業或勒令歇業。違反中央主管機關依第二十三條之四所定之管理辦法者，依第四十一條規定處分。
第四十三條（罰則七）公平交易委員會依第二十七條規定進行調查時，受調查者於期限內如無正當理由拒絕調查、拒不到場陳述意見，或拒不提出有關帳冊、文件等資料或證物者，處新臺幣二萬元以上二十五萬元以下罰鍰；受調查者再經通知，無正當理由連續拒絕者，公平交易委員會得繼續通知調查，並按次連續處新臺幣五萬元以上五十萬元以下罰鍰，至接受調查、到場陳述意見或提出有關帳冊、文件等資料或證物為止。
第四十四條（強制執行）依前四條規定所處罰鍰，拒不繳納者，移送法院強制執行。
第四十五條（不適用本法之情形一）依照著作權法、商標法或專利法行使權利之正當行為，不適用本法之規定。
第四十六條（不適用本法之情形二）事業依照其他法律規定之行為，不適用本法之規定。公營事業、公用事業及交通運輸事業，經行政院許可之行為，於本法公布後五年內，不適用本法之規定。
第四十七條（未經認許之外國法人或團體之民刑事訴訟當事人能力及互惠原則）未經認許之外國法人或團體，就本法規定事項得為告訴、自訴或提起民事訴訟。但以依條約或其本國法令、慣例，中華民國人或團體得在該國享受同等權利者為限；其由團體或機構互訂保護 之協議，經中央主管機關核准者亦同。
第四十八條（施行細則）本法施行細則，由中央主管機關定之。
第四十九條（施行日期）本法自公布後一年施行。本法修正條文自公布日施行。